Για τον υπολογισμό της προκαταβολής αφαιρούνται τυχόν φόροι που έχουν παρακρατηθεί ή αλλιώς προκαταβληθεί. Ομοίως υπολογίζεται η προκαταβολή και στην περίπτωση που ο προσδιορισμός του εισοδήματος γίνεται με τεκμαρτό τρόπο.
Όταν ωστόσο, υποβάλλεται δήλωση για πρώτη φορά η προκαταβολή περιορίζεται στο μισό. Ειδικά για τους αρχιτέκτονες, τους μηχανικούς και τους δικηγόρους ισχύουν και ειδικότερες διατάξεις για την προκαταβολή φόρου (σε ποσοστά 4% ή 10% για τους πρώτους και 15 % για τους τελευταίους) επί της εκάστοτε αμοιβής τους κατά περίπτωση. Αν δεν υποβληθεί δήλωση, η Φορολογική Διοίκηση προβαίνει στη βεβαίωση του προκαταβλητέου ποσού φόρου, με βάση την υπάρχουσα εγγραφή για το εγγύτερο πριν από την παράλειψη υποβολής της δήλωσης οικονομικό έτος, εφόσον διαπιστώνεται ότι ο υπόχρεος εξακολουθεί να αποκτά το εισόδημα.
Στην περίπτωση ωστόσο που μειωθεί το εισόδημα του φορολογουμένου σε ποσοστό άνω του 25% μπορεί ο τελευταίος να ζητήσει με αίτησή του τη μείωση της προκαταβολής. Η αίτηση υποβάλλεται μέχρι το τέλος Σεπτεμβρίου του φορολογικού έτους στο οποίο έγινε η βεβαίωση και αφορά στα ποσά που δεν έγιναν ληξιπρόθεσμα κατά τον χρόνο αίτησης.
Προκειμένου οι φορολογικές αρχές να εκτιμήσουν τη μείωση του εισοδήματος από επιχειρηματική δραστηριότητα λαμβάνουν ενδεικτικά υπόψη:
Α.Το ποσό των ακαθάριστων εσόδων της επιχείρησης στο τρέχον φορολογικό έτος, συγκρινόμενο με τα ακαθάριστα έσοδα της αντίστοιχης περιόδου του προηγούμενου φορολογικού έτους.
Β. Το ποσοστό των δαπανών και των εξόδων διαχείρισης επί των ακαθάριστων εσόδων του τρέχοντος φορολογικού έτους σε σύγκριση με το αντίστοιχο ποσοστό του προηγούμενου φορολογικού έτους.
Γ. Τις ουσιώδες μεταβολές που τυχόν επήλθαν στους παράγοντες διαμόρφωσης του μεικτού κέρδους της επιχείρησης κατά το τρέχον φορολογικό έτος σε σχέση με το προηγούμενο.
Δ. Κάθε άλλο στοιχείο από το οποίο πιθανολογείται μείωση του κέρδους του τρέχοντος φορολογικού έτους. Το βάρος της απόδειξης για τα στοιχεία που προσκομίζονται και υπόκεινται στον έλεγχο της αρμόδιας ελεγκτικής αρχής φέρει ο φορολογούμενος. Η Φορολογική Διοίκηση υποχρεούται μέσα σε προθεσμία 3 μηνών να ανακοινώσει στον φορολογούμενο τα αποτελέσματα ελέγχου. Αν διαπιστώσει ότι το εισόδημα μειώθηκε πραγματικά άνω του 25%, προβαίνει στην έκπτωση ανάλογου, με τη μείωση που επήλθε, ποσού φόρου, από τις επόμενες δόσεις που οφείλονται.
Αν περάσει άπρακτη η τρίμηνη προθεσμία, ο φορολογούμενος μπορεί να καταβάλει τις από τη λήξη της προθεσμίας και μετά , απαιτητές δόσεις του φόρου μειωμένες κατά το ποσοστό της μείωσης των εισοδημάτων του, όπως αυτό αναφέρεται στην αίτηση που υπέβαλε για το σκοπό αυτόν,με επιφύλαξη να καταβάλει τον τυχόν επιπλέον οφειλόμενο φόρο κατά τον έλεγχο της δήλωσης και την οριστική εκκαθάριση του.
Αν γίνει νέα εκκαθάριση λόγω υποβολής τροποποιητικής δήλωσης εφόσον μειωθεί ο φόρος μειώνεται αναλόγως και η προκαταβολή του φόρου.
Όταν υποβάλλεται τροποποιητική δήλωση και μειώνεται ο φόρος μειώνεται και η προκαταβολή φόρου. Ωστόσο όταν γίνεται νέα εκκαθάριση του φόρου μετά το τέλος του φορολογικού έτους για το οποίο αυτή βεβαιώνεται, μειώνεται ο φόρος σε σχέση με την αρχική εκκαθάριση και η προκαταβολή φόρου παραμένει η ίδια που είχε βεβαιωθεί με την εκκαθάριση της αρχικής δήλωσης. Σημειώνεται ότι η αίτηση για τη μείωση της προκαταβολής φόρου υποβάλλεται και όταν ο φορολογούμενος απεβίωσε (εντός του έτους κατά το οποίο προκύπτει η υποχρέωση υποβολής δήλωσης φορολογίας εισοδήματος).
Στην περίπτωση αυτή τη σχετική αίτηση πρέπει να υποβάλουν οι κληρονόμοι του θανόντος στη ΔΟΥ μέσα στην ίδια προθεσμία του φορολογικού έτους στο οποίο έγινε η βεβαίωση.
