Επίσης με τις διατάξεις του αλλάζει ο τρόπος υποβολής του ΦΠΑ αφού εκτός των άλλων αποσυνδέεται η υποβολή της δήλωσης από την καταβολή του φόρου. Οι περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ θα υποβάλλονται στις 20 του μήνα με την πρώτη δόση να καταβάλλεται έως το τέλος του ίδιου μήνα και τη δεύτερη ως το τέλος του επόμενου.
Σημειώνεται ότι μέχρι σήμερα ο συμψηφισμός ΦΠΑ γίνεται αποκλειστικά για οφειλές ΦΠΑ ιδιωτών με απαιτήσεις ΦΠΑ από τον στενό δημόσιο τομέα, δηλαδή τα υπουργεία και τους φορείς της κεντρικής διοίκησης. Με το νέο καθεστώς ο ΦΠΑ που οφείλουν στο Δημόσιο οι επιχειρήσεις θα μπορεί να συμψηφίζεται με ΦΠΑ που πρέπει να εισπράξουν από διάφορους φορείς του ευρύτερου δημόσιου τομέα όπως Δήμους, νοσοκομεία, ασφαλιστικά ταμεία και άλλα Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου.
Παράλληλα στο νομοσχέδιο προβλέπεται σειρά άλλων διατάξεων που αφορούν μεταξύ άλλων:
Την απαλλαγή των αγροτών από την υποχρέωση τήρησης βιβλίων εφόσον έχουν ετήσια ακαθάριστα έσοδα έως 15.000 ευρώ και επιδοτήσεις έως 5.000 ευρώ. Ο ΦΠΑ αγροτών επιστρέφεται κατ' αποκοπή με συντελεστή 6% επί της αξίας των προϊόντων που πωλούν.
Την απαλλαγή από τον ΕΝΦΙΑ για τα έτη 2014 και 2015, των ακινήτων που βρίσκονται στην Κεφαλονιά και τους νομούς Φθιώτιδας και Φωκίδας και έχουν αποδεδειγμένα υποστεί ζημιές από τους σεισμούς του Ιανουαρίου 2014 και του Αυγούστου 2013.
Την απαλλαγή από τέλη κυκλοφορίας των οχημάτων στα οποία έχουν κατατεθεί πινακίδες και πρόκειται να διαγραφούν από το μητρώο του υπουργείου Μεταφορών.
