Οι φήμες σχετικά με την υγεία του τον τελευταίο καιρό ήταν πολλές και λέγεται ότι ο Mercury είχε κάνει έλεγχο για το αν είναι θετικός στον HIV και αν έχει AIDS, από το 1986. Τα δύο τελευταία χρόνια της ζωής του, τα πέρασε απομονωμένος στο πολυτελές σπίτι του στο Λονδίνο. Οι τελευταίες φωτογραφίες του τραγουδιστή προκαλούν σοκ, καθώς φαίνεται να έχει χάσει αρκετά κιλά. Απαθανατίστηκε στις 3 Σεπτεμβρίου του 1991 έξω από το σπίτι σχεδόν σκελετωμένος.
Ο σύντροφος του Freddie Mercury, ο Τζιμ Χάτον, στις 28 Αυγούστου, τράβηξε μερικές φωτογραφίες στον κήπο του σπιτιού του. Ο Τζιμ αργότερα έγραψε: «Εκείνο το καλοκαίρι ο Φρέντι πόζαρε για την τελευταία -δική μου- φορά».
