Η Εισαγγελία Διαφθοράς μετά από την διενέργεια προκαταρκτικής εξέτασης προχώρησε στην άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος 13 στελεχών του Υπουργείου Εξωτερικών, της επίμαχης περιόδου, για τα αδικήματα της απιστίας στην υπηρεσία και της ψευδούς βεβαιώσεως με τις επιβαρυντικές περιστάσεις του νόμου περί καταχραστών του Δημοσίου. Η δίωξη στρέφεται και κατά του υπευθύνου της οργάνωσης Διεθνές Κέντρο Αποναρκόθετησης "International Mine Initiative" ο οποίος είναι υπόλογος για το αδίκημα της ηθικής αυτουργίας στις πράξεις των κρατικών λειτουργών. Παράλληλα η νέα δικογραφία που σχηματίστηκε αποστέλλεται στην Βουλή προκειμένου να διερευνηθεί αν στην υπόθεση προκύπτουν ευθύνες των τότε πολιτικών προϊσταμένων του ΥΠΕΞ.
Η δραστηριότητα της συγκεκριμένης οργάνωσης έχει ερευνηθεί ξανά από την Δικαιοσύνη και οι δύο υπεύθυνοι της έχουν παραπεμφθεί ενώπιον του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων μαζί με έξι στελέχη του Υπουργείου Εξωτερικών για παράνομες χρηματοδοτήσεις, ύψους περίπου 9 εκατομμυρίων ευρώ, για έργα αποναρκοθετήσεων σε Βοσνία-Ερζεγοβίνη, Ιράκ και Λίβανο την περίοδο 2000 έως και 2004.
Η νέα ποινική δίωξη αφορά την χρηματοδότηση άλλων δύο προγραμμάτων της ΜΚΟ και πάλι για περιοχές της Βοσνίας τα οποία "συγχρηματοδοτήθηκαν" από την Υπηρεσία Διεθνούς Αναπτυξιακής Συνεργασίας του ΥΠΕΞ το 2000 και το 2001. Από την έρευνα των Εισαγγελέων Διαφθοράς διαπιστώθηκε ωστόσο ότι και σε αυτή την περίπτωση , όπως και στην προγενέστερη δικογραφία, τα δύο προγράμματα δεν "συγχρηματοδοτήθηκαν" αλλά αποκλειστικά χρηματοδοτήθηκαν από το Δημόσιο καθώς η ΜΚΟ δεν τήρησε την υποχρέωση της για ίδια συμμετοχή στην χρηματοδότηση του προγράμματος με ποσοστό 25% επί του συνολικού κόστους. Επίσης δεν συνδέθηκε εκ μέρους της αρμόδιας υπηρεσίας του ΥΠΕΞ η καταβολή των δόσεων της χρηματοδότησης με την υλοποίηση κάθε φάσης του χρηματοδοτούμενου προγράμματος. Οι Εισαγγελείς φαίνεται να μην εντόπισαν ούτε σε αυτή την υπόθεση, πιστοποιήσεις για την παρακολούθηση εκτέλεση των προγραμμάτων.
Στην δικογραφία που σχηματίστηκε αναφέρεται παράλληλα πως η ΜΚΟ αμέσως μετά την σύσταση της έλαβε χρηματοδότηση 60 χιλιάδων ευρώ αν και ο νόμος ορίζει ως προϋπόθεση την συμπλήρωση δύο ετών λειτουργίας πριν πιστωθεί κρατική χρηματοδότηση. Η εισαγγελική έρευνα επίσης εντόπισε ποσά που υπέβαλε προς έγκριση δαπανών της η ΜΚΟ, τα οποία ωστόσο δεν αφορούσαν λειτουργικά της έξοδα για την υλοποίηση προγραμμάτων αλλά έξοδα για την οργάνωση του γραφείου της ,όπως αγορά γραφείων και γραφικής ύλης αλλά και λογαριασμούς ΔΕΚΟ, αεροπορικά ταξίδια που δεν αφορούσαν τα προγράμματα, αποστολή δώρων σε διάφορους αποδέκτες κ.α.
Σύμφωνα μάλιστα με πληροφορίες οι Εισαγγελείς εντόπισαν εγκεκριμένες από το ΥΠΕΞ τέτοιου είδους αποδείξεις δαπανών της ΜΚΟ οι οποίες συνδέθηκαν με υλοποιούμενα προγράμματα αν και είχαν εκδοθεί σε χρόνο προγενέστερο της χρηματοδότησης. Την δικογραφία θα αναλάβει Ανακριτής Διαφθοράς ενώπιον του οποίου θα κληθούν σε απολογία οι εμπλεκόμενοι στην υπόθεση.
