Με την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας κρίθηκε ότι οι τόκοι αυτοί δεν πρέπει να προστίθενται στον παρονομαστή του κλάσματος που χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό του εκπιπτόμενου ΦΠΑ (prorata).
Για παράδειγμα, μια επιχείρηση παρέχει υπηρεσίες σε πελάτη και εκδίδει τιμολόγιο ύψους 10.000 ευρώ με ΦΠΑ 24%, δηλαδή συνολικό ποσό 12.400 ευρώ. Ο πελάτης καθυστερεί την πληρωμή και η επιχείρηση χρεώνει τόκους υπερημερίας ύψους 500 ευρώ. Με βάση την απόφαση, οι τόκοι των 500 ευρώ δεν θα συμπεριληφθούν στη βάση υπολογισμού του ΦΠΑ. Ο τόκος υπερημερίας θεωρείται αποζημίωση για την καθυστέρηση και όχι αντιπαροχή για τις υπηρεσίες. Έτσι, η επιχείρηση δεν χρειάζεται να προσθέσει αυτούς τους τόκους στον υπολογισμό του εκπιπτόμενου ΦΠΑ.
Σε ένα άλλο παράδειγμα, μια εταιρεία πώλησης αγαθών πωλεί εμπορεύματα αξίας 20.000 ευρώ με ΦΠΑ 24%, άρα συνολικά 24.800 ευρώ. Η πληρωμή καθυστερεί και η εταιρεία χρεώνει τόκους υπερημερίας ύψους 1.000 ευρώ. Σύμφωνα με την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, οι τόκοι αυτοί δεν προστίθενται στη βάση υπολογισμού του εκπιπτόμενου ΦΠΑ. Συνεπώς, οι 1.000 ευρώ των τόκων δεν θα επηρεάσουν το ποσό του prorata που χρησιμοποιείται για την έκπτωση του ΦΠΑ, διότι δεν αποτελούν αντιπαροχή για τα εμπορεύματα, αλλά αποζημίωση για την καθυστέρηση της πληρωμής.
Είναι λοιπόν ξεκάθαρο και από τα δύο παραδείγματα πως η αποζημίωση αυτή δεν αφορά στην αξία της υπηρεσίας ή του αγαθού, αλλά τη χρηματοοικονομική επιβάρυνση που υφίσταται η επιχείρηση λόγω της καθυστέρησης. Έτσι, δεν έχει τον ίδιο φορολογικό χαρακτήρα με την κύρια συναλλαγή και δεν πρέπει να υπολογίζεται στον ΦΠΑ.
