Συγκεκριμένα μετά την σύσταση του ΕΟΠΥΥ και τη μεταφορά και ένταξη υπηρεσιών, αρμοδιοτήτων και του προσωπικού των Κλάδων Υγείας των φορέων έχει η στέγαση των οργανικών μονάδων αποτελεί σημαντικό πρόβλημα αφού κατά κανόνα στεγάζονται σε μισθωμένα ακίνητα , που επιδεινώνεται αφού η διαδικασία ένταξης και μεταφοράς των υπηρεσιών και του προσωπικού δεν έχει ολοκληρωθεί εξ ολοκλήρου
Όπως αναφέρει ο ΕΟΠΥΥ η εκκαθάριση των αρχείων και η αποτύπωση του ακριβούς όγκου αυτών είναι επιβεβλημένη αφού από πολλές οργανικές μονάδες διατυπώνονται αιτήματα για μίσθωση ακινήτων για τη αποθήκευση του.
Για το λόγω αυτό θα συσταθεί επιτροπή, όπου θα εξετάζει το αρχείο, το οποίο ομαδοποιεί για τη διευκόλυνση του έργου της και θα χαρακτηρίζει το αρχείο ως α. προς καταστροφή, β. ως διατηρητέο στο διηνεκές και γ. ως διατηρητέο για ορισμένο χρόνο.
Η απόφαση αυτή του ΕΟΠΥΥ μπορεί να έχει πολλές ερμηνείες λόγω της επικείμενης μεταρρύθμισης του Οργανισμού αφού ο σκοπός του εγγράφου είναι η αποδέσμευση χώρων που διατηρείται το αρχείο είτε μισθωμένο είτε όχι.
