Με την αίτηση ακύρωσης η ΕΝΙ ΕΟΠΥΥ ισχυρίζεται, ότι το επίμαχο σύστημα στατιστικής και βάσει πιθανοτήτων εκκαθάρισης με δειγματοληψία έρχεται σε αντίθεση με πλειάδα διατάξεων και αρχών του Συντάγματος, της Ευρωπαϊκής Σύμβασης των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, του Χάρτη Θεμελιωδών Δικαιωμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του Διεθνούς Συμφώνου για τα Ατομικά και Πολιτικά Δικαιώματα, που προστατεύουν την επαγγελματική ελευθερία, την ιδιοκτησία, την ίση μεταχείριση και επιβάλλουν στο κράτος την υποχρέωση να μεριμνά για την υγεία των πολιτών και να τους εξασφαλίζει υψηλό επίπεδο προστασίας της υγείας τους μέσω των παρόχων του, τους οποίους οφείλει να αμείβει. Επίσης προβάλλεται, ότι πλήττεται το Κράτος Δικαίου και η αρχή της αναλογικότητας καθώς σύμφωνα με την αιτιολογική έκθεση των σχετικών νομοθετικών διατάξεων, σκοπός του νέου συστήματος εκκαθάρισης είναι η επιτάχυνση της διαδικασίας εκκαθάρισης λόγω έλλειψης προσωπικού του ΕΟΠΥΥ. Η ΕΝΙ ΕΟΠΥΥ απευθύνει στο Δικαστήριο τον προβληματισμό, αν θα ήταν ποτέ ανεκτή η επέκταση ενός τέτοιου συστήματος στατιστικού και βάσει πιθανοτήτων ελέγχου και σε άλλους τομείς κρατικής ελεγκτικής δραστηριότητας π.χ. σε εκκρεμείς φορολογικούς ελέγχους, όπου υπάρχουν οι ίδιες ανάγκες για επιτάχυνση και ακόμα μεγαλύτερη έλλειψη προσωπικού.
Προβάλλεται επίσης, ότι η χρήση του επίμαχου συστήματος σε συγκεκριμένες κατηγορίες παρόχων υγείας πλην φαρμακοποιών, προσβάλλει την αρχή της ισότητας καθώς δεν δικαιολογείται η διαφορετική μεταχείρισή τους.
Εξαίρεται η σημασία του γεγονότος, ότι ενώ από την ΚΥΑ προβλέπεται, ότι η δειγματοληψία γίνεται δια στρωμάτων-κατηγοριών, ούτε στον σχετικό νόμο ούτε στην ΚΥΑ έχουν καθορισθεί τα στρώματα-κατηγορίες και τα κριτήρια προσδιορισμού τους, με αποτέλεσμα αυτά να καθορίζονται από τον ΕΟΠΥΥ μονομερώς, αυθαίρετα και με κανόνες, που ούτε έχουν νομοθετηθεί ούτε είναι γνωστοί, καθιστώντας έτσι παράνομη κάθε ατομική πράξη περικοπής που εκδίδεται.
Επίσης πλήττεται η ρύθμιση της ΚΥΑ, σύμφωνα με την οποία, σε περίπτωση υποβολής ένστασης αναστέλλεται η πληρωμή και του μη αμφισβητούμενου και περικοπτόμενου ποσού μέχρι την εξέταση της ένστασης.
Η κατάθεση της αίτησης ακύρωσης είναι η πρώτη θεσμική ενέργεια, που αναλαμβάνει η ΕΝΙ ΕΟΠΥΥ στο πλαίσιο της προσπάθειάς της για την ακύρωση του παράνομου και παράλογου συστήματος στατιστικής εκκαθάρισης, που πλήττει τον πυρήνα της αξιοπρέπειας του ιατρικού επαγγέλματος καθώς και κάθε έννοια Κράτους Δικαίου. Στα πλαίσια της κατάστρωσης του αγώνα της η ΕΝΙ ΕΟΠΥΥ συμβουλεύει τα μέλη της να διατηρούν πλήρες και λεπτομερές αρχείο εγγράφων (μηνιαίες υποβολές, πράξεις περικοπών κ.λ.π.) για την μελλοντική διεκδίκηση των παρανόμως περικοπτόμενων αμοιβών τους.
