Οι απορίες εντείνονται από το γεγονός ότι οι σοροί που έχουν βρεθεί στη σύγκρουση των δυο τρένων, μπορεί να μας επιτρέπουν να προσδιορίσουμε τον αριθμό των νεκρών- επισήμως είναι 46 αλλά ο αριθμός θα αυξηθεί- αλλά δεν έχει γίνει ακόμα η αναγνώριση των περισσοτέρων, αφού είναι είτε διαμελισμένοι είτε καμένοι, συνεπώς επισήμως παραμένουν ακόμα αγνοούμενοι.
Αλλά υπάρχει ακόμα σύγχυση και για το πόσοι τελικά ήταν οι επιβάτες του τρένου. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι ορισμένοι επιβάτες μπορεί να επέλεξαν να βγάλουν εισιτήριο μέσα στο τρένο. Τα γκισέ για την έκδοση εισιτηρίων στους σταθμούς κλείνουν 10 λεπτά πριν από την αναχώρηση της αμαξοστοιχίας. Θεωρητικά απαγορεύεται να εκδοθούν μετά εισιτήρια. Αλλά πολύς κόσμος φθάνει τελευταία στιγμή και ανεβαίνει στους συρμούς και βγάζει εισιτήριο μέσα στο τρένο. Αυτοί δεν καταγράφονται παρά μετά και μάλιστα χειρόγραφα.
Επίσης κανείς δεν μπορεί να ξέρει αν κάποιοι επιβάτες επέλεξαν τελικά για τους δικούς τους λόγους να κατέβουν από το τρένο σε άλλο σταθμό. Ούτε αυτοί καταγράφονται. Συνεπώς υπάρχει ακόμα μεγάλη σύγχυση για τον αριθμό των επιβαινόντων και τον ακριβή αριθμό των αγνοουμένων.
Η τελευταία ημιεπίσημη ενημέρωση ήρθε από την ιατροδικαστή της Λάρισας που δήλωσε ότι ο αριθμός των νεκρών έχει φτάσει τους 57, και ότι σήμερα έχουν εντοπισθεί 14 απανθρακωμένες σοροί, οι οποίες μεταφέρθηκαν στο νεκροτομείο. Ακόμη 7 απανθρακωμένες σοροί είχαν μεταφερθεί την Τετάρτη στο νεκροτομείο. Παράλληλα, δήλωσε ότι μέχρι στιγμής υπάρχουν πάνω από 10 σάκοι με ανθρώπινα μέλη στο νεκροτομείο.
