Ειδικότερα, στο ΣτΕ προσέφυγαν η Γενική Ομοσπονδία Καταναλωτών Ελλάδας (ΙΝΚΑ), ο Σύλλογος για τα Δικαιώματα του Καταναλωτή και του Πολίτη (ΔΙΚΑΠ) και 15 Πειραιώτες και σύμφωνα με τους ισχυρισμούς τους, το έργο έχει καθυστερήσει 4 χρόνια και για το λόγο αυτό, όπως καταγράφεται και στα πρακτικά του ΚΑΣ που προσκομίζονται στο ΣτΕ, δεν έγιναν ολοκληρωμένες ανασκαφές για να μην καθυστερήσει περαιτέρω το όλο έργο. Με αποτέλεσμα να επέρχεται πλήρης καταστροφή σημαντικών ευρημάτων με εσπευσμένες καταχώσεις, όπως είναι αυτές τμήματος του αρχαίου λιμανιού, του αρχαίου μώλου στον Τιτάνειο Κήπο, κ.ά.
Ακόμη, υποστηρίζουν ότι οι προσβαλλόμενες υπουργικές αποφάσεις είναι αντίθετες στη Διεθνή Σύμβαση της Γρανάδας του 1985, για την προστασία της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς στην Ευρώπη, την υπογραφείσα στο Παρίσι το 1972 για την προστασία της παγκόσμιας πολιτιστικής και φυσικής κληρονομιάς, το άρθρο 24 του Συντάγματος που προστατεύει την πολιτιστική κληρονομιά, το νόμο 3028/2002 για την προστασία των αρχαιοτήτων, κ.λπ.
Επίσης, υποστηρίζουν ότι στην έγκριση της Μελέτης Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων δεν έχει γίνει καμία μελέτη για τις επιπτώσεις του επίμαχου έργου στα αρχαία και στους αρχαιολογικούς χώρους, ενώ σε μια από τιςπροσβαλλόμενες αποφάσεις είναι σε αντίθεση με την οικοδομική άδεια του έργου του 2012, καθώς εγκρίνεται η χωροθέτηση του υπόγειου υποσταθμού έλξης του τραμ στην πλατεία Ωρολογίου σε άλλο όμως σημείο από αυτό που έχει εγκριθεί με την οικοδομική άδεια, που έχει εκδοθεί.
