Εκτός από τον άλλοτε δήμαρχο, στο εδώλιο του δικαστηρίου κάθισαν για απιστία ή άμεση συνέργεια σ' αυτήν ο πρώην αντιδήμαρχος Οικονομικών Αναστάσιος Γερογιάννης και πέντε υπάλληλοι οικονομικών υπηρεσιών του δήμου, κάποιοι από τους οποίους κατηγορήθηκαν και για τα άλλα οικονομικά σκάνδαλα της διοίκησης Παπαγεωργόπουλου, όπως την υπεξαίρεση των 17,9 εκατ. ευρώ και την παγία προκαταβολή.
Η υπόθεση των ειδικών εντολών έφτασε στις δικαστικές αίθουσες κατόπιν διαχειριστικού ελέγχου που διενήργησε ο οικονομικός επιθεωρητής Αιμίλιος Σαμόλης, ο οποίος διαπίστωσε έλλειμμα ύψους 947.000 ευρώ. Το ποσό αυτό -όπως περιέγραφε ο ίδιος επιθεωρητής στην πολυσέλιδη πορισματική του έκθεση- αφορούσε δαπάνες προς προμηθευτές, εργολάβους έργων, δημοτικούς υπαλλήλους για παροχή υπηρεσιών κ.ά., χωρίς να υπήρχαν τα αντίστοιχα παραστατικά πληρωμής, ενώ απέρριψε τα εντάλματα που εκδόθηκαν κατά τα επόμενη έτη.
Το δικαστήριο συντάχθηκε με την απαλλακτική πρόταση τού εισαγγελέα της έδρας Ευάγγελου Μπακέλα, που στην αγόρευσή του περιέγραψε τις «ειδικές εντολές» ως διαδικασία που ήταν κανόνας στο Δήμο και ακολουθείτο τουλάχιστον από το 1983. Αντίθετα με το πόρισμα του επιθεωρητή, ο εισαγγελέας δέχθηκε ότι το πραγματικό ταμειακό έλλειμμα προσδιορίζεται σε 111.000 ευρώ, αλλά, πρόσθεσε ότι από την αποδεικτική διαδικασία δεν προέκυψε ζημιά ή ελάττωση στην περιουσία του Δήμου. Επικαλούμενος δε τις καταθέσεις μαρτύρων, είπε ότι επρόκειτο για έργα ή υπηρεσίες που περατώθηκαν και τα ποσά καταβλήθηκαν.
