Μετά από έξι πολύ παραγωγικές σεζόν με τους «πράσινους» έφυγε το καλοκαίρι του 2017 για την Κοπεγχάγη, αφού πρώτα αγωνίστηκε σε δύο αναμετρήσεις για το πρωτάθλημα και έφτασε τα 190 ματς στη διοργάνωση.
Το καλοκαίρι του 2023 επέστρεψε στην Ελλάδα και τον Παναθηναϊκό και με τις 10 συμμετοχές του συμπλήρωσε τα 200 παιχνίδια πρωταθλήματος.
Έτσι, γίνεται ο 25ος μέσος στην ιστορία της ομάδας που φτάνει αυτό τον αριθμό για την Α’ Εθνική/Super League, ενώ πέρασε τον Άγγελο Μπασινά και τον Ανδρέα Παπαεμμανουήλ που είχαν σταματήσει στις 199 παρουσίες.
Συνολικά ο Κάρλος Ζέκα έχει αγωνιστεί σε 261 αναμετρήσεις με τους Πράσινους σε όλες τις διοργανώσεις, αφού έχει 24 ματς χωρίς γκολ στο Κύπελλο Ελλάδος και 37 ματς με ένα γκολ στις ευρωπαϊκές του παρουσίες.
Η πιο παραγωγική του σεζόν ήταν το 2014-15 με 44 ματς και δύο γκολ σε όλες τις διοργανώσεις.
