Σύμφωνα με πληροφορίες του ΑΠΕ-ΜΠΕ, το γραφείο της Frontex στον Πειραιά λειτουργεί σε πιλοτική βάση από το 2010 και αξιωματούχοι της προσανατολίζονται στο να προτείνουν τον μετασχηματισμό του σε μια νέα δομή που δεν θα ασχολείται με τη διαχείριση των συνόρων, αλλά με την αντιμετώπιση των προσφυγικών ροών και των μεταναστών.
Μία τέτοια απόφαση, ωστόσο, επισημαίνουν ανώτεροι αξιωματούχοι από το υπουργείο Ναυτιλίας θεωρείται αυθαίρετη και αναμένεται να καταβληθούν προσπάθειες από τις ελληνικές αρχές, προκειμένου να αποφευχθεί ένα τέτοιο ενδεχόμενο.
Σύμφωνα με τον ιδρυτικό Κανονισμό της, η Ευρωπαϊκή Υπηρεσία για τη διαχείριση της επιχειρησιακής συνεργασίας στα εξωτερικά σύνορα των κρατών μελών της ΕΕ (FRONTEX) έχει σκοπό την ολοκληρωμένη και αποτελεσματική διαχείριση των εξωτερικών συνόρων (χερσαίων, θαλασσίων και εναερίων) των Κ-Μ της Ε.Ε., με συντονισμό των κοινών δράσεων και παροχή της αναγκαίας τεχνικής συνδρομής και τεχνογνωσίας
