Ειδικότερα, το Ε΄ Τμήμα του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου με πρόεδρο την αντιπρόεδρο Αγγελική Θεοφιλοπούλου και εισηγήτρια την πάρεδρο Ελένη Μουργιά έκριναν παράνομο, καθώς στηρίχθηκε σε λάθος (καταργημένο) νομοθετικό πλαίσιο, το σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος με το οποίο επιχειρήθηκε: 1) η έγκριση πολεοδομικής μελέτης (επέκταση του σχεδίου πόλεως) των τριών επίμαχων περιοχών, 2) ο καθορισμός των όρων και περιορισμών δόμησής τους και 3) ο καθορισμός των οριογραμμών των ρεμάτων Βαρειάς, Ταξιαρχών και Κουμκό.
Αναλυτικότερα, το σχέδιο διατάγματος κρίθηκε μη νόμιμο, καθώς οι αρμόδιες υπηρεσίες κατά την διαδικασία σύνταξης της πολεοδομικής μελέτης, κ.λπ. στηρίχθηκαν σε λάθος νομοθετικό πλαίσιο, το οποίο είναι καταργημένο.
Σύμφωνα με το σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος, η επέκταση του σχεδίου πόλης της περιοχής Βαρεία - Ακρωτήρι, ανέρχεται στα 1.311.978 στρέμματα, των Ταξιαρχών στα 259.293 στρέμματα και της Βίγλας στα 215.872 στρέμματα. Στις πολεοδομικές αυτές περιοχές καθορίζεται, ως κυρία χρήση η γενική κατοικία και αυτή του πολεοδομικού τοπικού κέντρου, ενώ στα τμήματα που είναι κοντά στα ρέματα καθορίζονται ελεύθεροι χώροι και αστικό πράσινο, ενώ τμήμα των περιοχών αυτών έχουν χαρακτηρισθεί ως πυκνοδομημένα και αραιοδομημένα και άλλα είναι αδόμητα.
Στην γνωμοδότηση του ΣτΕ αναφέρεται, ότι «λαμβανομένου δε υπόψη, ότι το ισχύον για την υπό πολεοδόμηση περιοχή Γενικό Πολεοδομικό Σχέδιο-Γ.Π.Σ. (του έτους 2007) εγκρίθηκε και τροποποιήθηκε, σύμφωνα με τις διατάξεις του νόμου 2508/1997, η έγκριση της παρούσας πολεοδομικής μελέτης διέπεται κατ' αρχήν από τις διατάξεις του τελευταίου αυτού νόμου, με τον οποίο η διάκριση των περιοχών σε πυκνοδομημένες αφενός και αραιοδομημένες ή αδόμητες αφετέρου, ως κριτήριο εφαρμογής του από 17.7.1923 νομοθετικού διατάγματος ή του νόμου 1337/1983, καταργήθηκε» και συνεχίσει η γνωμοδότηση:
«Και ναι μεν, για την παρούσα πολεοδομική μελέτη, έχουν τηρηθεί οι κατευθύνσεις του νέου Γ.Π.Σ. του δήμου Μυτιλήνης ως προς α) την πολεοδομική οργάνωση και ειδικότερα, τις χρήσεις γης, β) τις περιοχές ειδικής προστασίας και γ) την κυκλοφοριακή οργάνωση, πλην, όλες οι προτεινόμενες ρυθμίσεις του υπό επεξεργασία σχεδίου, δηλαδή τόσο ο πολεοδομικός κανονισμός, όσο και οι όροι και περιορισμοί δομήσεως, στηρίζονται στην διάκριση των προς πολεοδόμηση περιοχών σε πυκνοδομημένες και αραιοδομημένες ή αδόμητες, η οποία πλέον δεν υφίσταται».
Εξάλλου, συνεχίζουν οι δικαστές, «δεν δύναται να θεωρηθεί ως «εκκρεμής διαδικασία πολεοδόμησης» κατά την έννοια της μεταβατικής διατάξεως της παραγράφου 8 του άρθρου 25 του νόμου 2508/1997, αφενός μεν ενόψει του μακρού χρόνου που παρήλθε από την δημοσίευση του νόμου αυτού (13.6.1997) και τούτο, ανεξαρτήτως του γεγονότος, ότι η 5305/1997 σύμβαση αναθέσεως για την εκπόνηση των μελετών πολεοδομήσεως για την ένταξη-επέκταση στο σχέδιο οικισμών υπεγράφη από τον δήμο Μυτιλήνης, ως εργοδότη, στις 7.8.1997, δηλαδή μετά την δημοσίευση του ως άνω νόμου και αφορούσε μόνον στους οικισμούς Βαρειά-Ακρωτήρι, αφετέρου δε, λόγω του γεγονότος, ότι στην προκειμένη περίπτωση, εγκρίθηκε νέο Γ.Π.Σ. του δήμου Μυτιλήνης το έτος 2007 κατά τις διατάξεις του νόμου 2508/1997 για το σύνολο της προς πολεοδόμηση εκτάσεως (δηλαδή για τις περιοχές «Βαρειά - Ακρωτήρι», «Βίγλα» και «Ταξιάρχες») χωρίς καμία αναφορά σε πυκνοδομημένες περιοχές, σύμφωνα δε με την πάγια διάταξη της παραγράφου 1 του άρθρου 7 του ίδιου ως άνω νόμου η πολεοδόμηση με τις προϊσχύουσες διατάξεις είναι επιτρεπτή έως την έγκριση Γ.Π.Σ. σύμφωνα με τις διατάξεις του νέου νόμου 2508/1997».
