Κατόπιν αναφοράς που κατέθεσε η σημερινή διοίκηση της Εγνατίας Οδού ΑΕ, ο εισαγγελέας αντιμετώπισης εγκλημάτων διαφθοράς Θεσσαλονίκης παρήγγειλε από την Οικονομική Αστυνομία τη διενέργεια επείγουσας προκαταρκτικής εξέτασης, προκειμένου να διευρυνθούν τυχόν ποινικές ευθύνες σε βάρος των υπαιτίων για το ποσό των 25 εκατ. ευρώ με το οποίο αποζημιώθηκε ο ανάδοχος.
Ως χρονικός ορίζοντας της έρευνας προσδιορίζεται το διάστημα από το 2005 και μεταγενέστερα, ενώ στο «κάδρο» τοποθετούνται τα τότε μέλη της διοίκησης της Εγνατίας Οδού ΑΕ και μηχανικοί. Σύμφωνα με δικαστικές πηγές, στην παραγγελία του, ο αντεισαγγελέας Εφετών Αχιλλέας Ζήσης ζητά να διερευνηθούν τα αδικήματα της απιστίας, της ψευδούς βεβαίωσης και της απάτης στο δικαστήριο.
Η ανάδοχος εταιρία είχε προσφύγει στη Δικαιοσύνη και πέτυχε τη δικαίωσή της. Είναι χαρακτηριστικό ότι κατά την εξέταση της υπόθεσης, προσκομίστηκαν ανακεφαλαιωτικοί πίνακες εργασιών ότι δήθεν ο ανάδοχος χρησιμοποίησε καλύτερα και ποιοτικότερα υλικά, σαφώς ανώτερα από εκείνα που προέβλεπε η αρχική μελέτη κατασκευής της σήραγγας, δικαιολογώντας έτσι την αύξηση του κόστους.
Από ελέγχους που ακολούθησαν, όμως, φάνηκε ότι το έργο είχε γίνει με υλικά χαμηλότερης ποιότητας, όπως ακριβώς προέβλεπε η αρχική μελέτη.
Υπό αυτές τις συνθήκες, η διοίκηση της Εγνατίας Οδού ΑΕ προσέφυγε στο Διοικητικό Εφετείο Κοζάνης, αξιώνοντας το «έξτρα» ποσό που δαπανήθηκε, ενώ την ίδια ώρα κατέθεσε μηνυτήρια αναφορά στον εισαγγελέα για την ποινική διερεύνηση της υπόθεσης. Κατά τις παραπάνω πηγές, δεν αποκλείεται το επόμενο διάστημα να προκύψουν παρόμοια στοιχεία για άλλες δύο σήραγγες του ίδιου οδικού άξονα.
