Πρώτος στην κληρωτίδα από τις ελληνικές ομάδες κληρώθηκε ο ΠΑΟΚ, ο οποίος κληρώθηκε με τον νικητή του ζευγαριού Σλόβαν Μπρατισλάβας - Νταντάλκ, με το πρώτο παιχνίδι να διεξάγεται εκτός έδρας στις 22/8 και την ρεβάνς στην Τούμπα στις 29/8.
Η αμέσως επόμενη ελληνική ομάδα που κληρώθηκε ήταν η ΑΕΚ, με τον «δικέφαλο» να κληρώνεται με τον νικητή του ζευγαριού Σπάρτα Πράγας - Τράμπζονσπορ, με το πρώτο παιχνίδι να διεξάγεται στο ΟΑΚΑ και την ρεβάνς εκτός έδρας μία εβδομάδα αργότερα.
Ο Ατρόμητος, εφόσον περάσει την Λέγκια Βαρσοβίας, θα αντιμετωπίσει την Μίντιλαντ ή την Ρέιντζερς, με την ομάδα του Περιστερίου να έχει μπροστά της σημαντικά εμπόδια με φόντο την παρουσία στους ομίλους της διοργάνωσης, με το πρώτο ματς να διεξάγεται στο Περιστέρι.
Τέλος, ο Άρης θα αντιμετωπίσει την Παρτιζάν Βελιγραδίου ή Μαλάτιασπορ αν περάσει τη Μόλντε, με το πρώτο παιχνίδι να διεξάγεται εκτός έδρας και η ρεβάνς στην Θεσσαλονίκη.
Ο ΠΑΟΚ και ο Ολυμπιακός έμαθαν νωρίτερα και τους πιθανούς τους αντιπάλους στα πλέι οφ του Champions League, με τον «δικέφαλο του Βορρά» να αντιμετωπίζει τον νικητή του ΑΠΟΕΛ - Καραμπάκ και τους «ερυθρόλευκους» τον νικητή του Πόρτο - Κράσονταρ.
Ο Ολυμπιακός έχει εξασφαλισμένη την πρόκριση στους ομίλους του Europa League σε περίπτωση αποκλεισμού από την τουρκική Μπασακσεχίρ, κάτι που δεν ισχύει για τον ΠΑΟΚ εάν αποκλειστεί από τον Άγιαξ.
