Η συγκεκριμένη περιβαλλοντική αδειοδότηση είναι βαρύνουσας σημασίας, καθώς το «Υδατοδρόμιο Παξών» θα λειτουργεί εντός της ζώνης του Λιμένα Γάιου που είναι περιοχή Natura 2000, τόπος Κοινοτικής Σημασίας, καθορισμένη ως Ειδική Ζώνη διατήρησης (ΕΖΔ), σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν.3937/2011 περί Βιοποικιλότητας.
Σε δηλώσεις του, ο υπουργός Περιβάλλοντος και Ενέργειας, Πάνος Σκουρλέτης, ανέφερε ότι «στόχος του υπουργείου είναι την ερχόμενη καλοκαιρινή σεζόν να έχει δημιουργηθεί ένα αρχικό δίκτυο υδατοδρομίων που θα αποφέρει σημαντικά οφέλη στην οικονομία της χώρας, δημιουργώντας θέσεις εργασίας και συμβάλλοντας στη διασύνδεση μικρών και απομονωμένων νησιών και στην ανάπτυξη των τοπικών κοινωνιών. Το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας εργάζεται εντατικά για την επιτάχυνση της περιβαλλοντικής αδειοδότησης των υδατοδρομίων για τα οποία έχουν, ήδη, κατατεθεί τα σχετικά αιτήματα και δρομολογεί την απλοποίηση των διαδικασιών περιβαλλοντικής αδειοδότησης για τα μελλοντικά αιτήματα. Ήδη, έχει λάβει άδεια λειτουργίας το υδατοδρόμιο της Κέρκυρας, ενώ έχουν λάβει περιβαλλοντική αδειοδότηση τα υδατοδρόμια της Αγίας Μαρίνας Γραμματικού, της Σκύρου, της Αλοννήσου και των Παξών, και σύντομα θα λάβουν τα υδατοδρόμια Θεσσαλονίκης, Βόλου, Σκοπέλου, Ρεθύμνου και Ηρακλείου Κρήτης».
Όπως δήλωσε στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο πρόεδρος της αναδόχου εταιρείας Ελληνικά Υδατοδρόμια, Αναστάσιος Γκόβας, μετά τη συνάντηση που είχε στο υπουργείο Περιβάλλοντος, «το γεγονός πως το υδατοδρόμιο Παξών εγκρίθηκε να λειτουργεί εντός περιοχής Natura 2000 αποδεικνύει ότι τα υδροπλάνα είναι από τα πλέον φιλικά προς το περιβάλλον μέσα μεταφοράς. Αυτή η επιστημονική τεκμηρίωση αποτελεί σημείο αναφοράς που θα βοηθήσει να αρθούν οι όποιες επιφυλάξεις και να επιταχυνθούν οι περιβαλλοντικές εγκρίσεις όλων των υπό αδειοδότηση υδατοδρομίων. Έτσι, θα έρθει πιο κοντά ο στόχος δημιουργίας επαρκούς δικτύου υδατοδρομίων, σε σύντομο χρονικό διάστημα, γεγονός που θα επιτρέψει τη βιώσιμη λειτουργία των υδροπλάνων στην Ελλάδα».
Την ίδια στιγμή, μεγάλο ενδιαφέρον για την αδειοδότηση υδατοδρομίων δείχνουν και οι δήμοι Ιωαννίνων και Ηγουμενίτσας.
Σύμφωνα με τον κ. Γκόβα, στον δήμο Ιωαννίνων, όπως και σε άλλους δήμους που υπάρχει ενδιαφέρον γα παραλίμνια λειτουργία υδατοδρομίων, θα πρέπει πρώτα η Κτηματική Υπηρεσία Ελληνικού Δημοσίου να καθορίσει το ιδιοκτησιακό καθεστώς της διαχείρισης των λιμνών και μετά να ξεκινήσουν οι διαδικασίες της σχετικής αδειοδότησης των υδατοδρομίων.
Πιο άμεση αναμένεται η αδειοδότηση υδατοδρομίου στην Ηγουμενίτσα, καθώς πολύ σύντομα φέρεται ότι θα υπάρξει συνάντηση μεταξύ του δημάρχου Ηγουμενίτσας και του προέδρου της εταιρείας Ελληνικά Υδατοδρόμια, προκειμένου να ξεκινήσουν οι απαραίτητες διαδικασίες.
Σε ό,τι αφορά την άδεια του υδατοδρομίου Παξών, θα ανήκει στην ιδιοκτησία του «Οργανισμού Λιμένος Κέρκυρας AE», ενώ φορέας λειτουργίας θα είναι η εταιρεία «Υδατοδρόμια Βορείου Ιονίου ΕΠΕ», μικτή εταιρεία με εταίρους τον «ΟΛΚΕ ΑΕ» και την εταιρεία «Ελληνικά Υδατοδρόμια».
