Η κλήρωση διενεργείται με απόλυτη διαφάνεια και αδιαβλητότητα από τριμελή Επιτροπή αποτελούμενη από τον Πρόεδρο της Διοικούσας Επιτροπής Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων (Δ.Ε.Π.Π.Σ.), εκπρόσωπο του Ινστιτούτου Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.) και έναν Διευθυντή Πειραματικού Σχολείου.
Οι υποψήφιοι όλων των Πειραματικών Σχολείων (ΠΕΙ.Σ.) κατατάσσονται αυτόματα, μέσω ηλεκτρονικής κλήρωσης, σε μία σειρά πανελλαδικά, η οποία «κλειδώνει» παρουσία συμβολαιογράφου. Η σειρά κατάταξης δημοσιοποιείται αμέσως στην ιστοσελίδα της Δ.Ε.Π.Π.Σ., με σεβασμό στα προσωπικά δεδομένα, ενώ από ένα αντίγραφο τηρούν η Δ.Ε.Π.Π.Σ., το Ι.Ε.Π. και η συμβολαιογράφος.
Η επιτροπή κλήρωσης αποστέλλει το αρχείο με την Πανελλαδική σειρά κατάταξης στο Αυτοτελές Τμήμα Προτύπων και Πειραματικών σε κάθε ΠΕΙ.Σ. χωρίς τα προσωπικά δεδομένα των μαθητών. Από αυτό το αρχείο το Επιστημονικό Εποπτικό Συμβούλιο (ΕΠ.Ε.Σ.) κάθε ΠΕΙ.Σ. εξαγάγει τους κωδικούς που αντιστοιχούν στους μαθητές/τριες που έχουν δηλώσει το συγκεκριμένο ΠΕΙ.Σ. Από τον πίνακα του ΠΕΙ.Σ. αρχικά πληρώνεται το 80% των θέσεων της Γενικής Κατηγορίας, μεταξύ όλων των υποψηφίων, ως ακολούθως:
Δημιουργούνται δυο πίνακες, ένας με τα αγόρια και δεύτερος με τα κορίτσια
Σε κάθε πίνακα οι μαθητές/τριες κατατάσσονται με την σειρά που έχουν στον πίνακα του ΠΕΙ.Σ.
Από τους παραπάνω πίνακες προκύπτουν οι εισακτέοι και οι επιλαχόντες.
Από τον πίνακα του ΠΕΙ.Σ. στη συνέχεια πληρώνεται το 20% των θέσεων της Ειδικής Κατηγορίας. Οι υποψήφιοι μαθητές/τριες που ανήκουν στις ειδικές κατηγορίες, εφόσον δεν έχουν κληρωθεί με τη γενική κλήρωση, κατατάσσονται με σειρά προτεραιότητας ανά ειδική κατηγορία και βάση τον κλήρο τους ως ακολούθως:
Α. Δίδυμα ήδη κληρωθέντων
Β. Αδέλφια μαθητών (εκτός από την τελευταία τάξη)
Γ. Παιδιά εκπαιδευτικών που υπηρετούν με θητεία στο οικείο ΠΕΙ.Σ.
Οι πίνακες αυτοί δημοσιοποιούνται την επόμενη ημέρα (25/6/2021) στην ιστοσελίδα κάθε ΠΕΙ.Σ. με σεβασμό στα προσωπικά δεδομένα των υποψηφίων. Με τον εξαψήφιο κωδικό του ο υποψήφιος μπορεί να δει αν είναι στους εισακτέους ή στους επιλαχόντες.
