Μια σειρά νομοθετημάτων, κυρωμένων διεθνών συμφωνιών, συνθηκών και ευρωπαϊκών οδηγιών προστατεύουν τους καρχαρίες στη Μεσόγειο αλλά και την Ελλάδα, με 17 είδη να προστατεύονται στις Ελληνικές θάλασσες. Η υπερεκμετάλλευση των πληθυσμών τους, καθώς και η παράνομη και παρεμπίπτουσα αλιεία είναι τα σημαντικότερα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι καρχαρίες στη Μεσόγειο αλλά και στην Ελλάδα.
Η παρεμπίπτουσα αλιεία είναι η μη επιλεκτική σύλληψη ειδών που δεν αποτελούν στόχο, ή απαγορεύεται η αλιεία τους και καταλήγουν σε απόρριψη. Στην Ελλάδα οι καρχαρίες αποτελούν ένα σημαντικό παρεμπίπτον αλίευμα που σε ορισμένες περιπτώσεις διατηρείται από τους αλιείς και δεν απορρίπτεται τροφοδοτώντας την αγορά με «γαλέο».
Σε ορισμένα αλιευτικά εργαλεία η παρεμπίπτουσα σύλληψη καρχαριών μπορεί να είναι αρκετά σημαντική ενώ στις περισσότερες περιπτώσεις η θνησιμότητα των ατόμων που πιάνονται στα αλιευτικά εργαλεία είναι ιδιαίτερα μεγάλη με την απελευθέρωση να μην αποτελεί λύση. Λόγω των βιολογικών τους χαρακτηριστικών, όπως ο χαμηλός αναπαραγωγικός ρυθμός και η μεγάλη διάρκεια ζωής, ακόμα και σχετικά μικρά επίπεδα παρεμπίπτουσας αλίευσης μπορεί να έχουν μεγάλη επίδραση στη βιωσιμότητα του πληθυσμού τους, καθώς ο ρυθμός ανανέωσης κάθε γενεάς είναι ιδιαίτερα μικρός. 1.Παραγάδι: το παραγάδι αποτελεί το αλιευτικό εργαλείο με το μεγαλύτερο ποσοστό παρεμπίπτουσας αλίευσης καρχαριών. Για τα παραγάδια που στοχεύουν τόνους και ξιφίες, η παρεμπίπτουσα αλίευση καρχαριών μπορεί να φτάσει το 10–15% της συνολικής βιομάζας, με το 70% αυτών να αποτελείται από μπλέ καρχαρίες (Prionacea glauca), ενώ τo υπόλοιπο από Ρυγχοκαρχαρίες (Isurus oxyrinchus) και Αλεποκαρχαρίες (Alopias spp.).
Αντίθετα, στο παραγάδι βυθού (πατοπαράγαδο) τα κύρια παρεμπίπτοντα αλιεύματα καρχαριών είναι είδη του γένους Mustelus sp. και Squalus sp., και μαζί με τα είδη σαλαχιών του γένους Torpedo sp. και Rajidae μπορεί να φτάσουν έως και το 13% της συνολική αλιευμένης βιομάζας. 2.Μηχανότρατα: βάσει ερευνών που έχουν πραγματοποιηθεί η μηχανότρατα αλιεύει 13 διαφορετικά είδη καρχαριών με πιο συνηθισμένα να είναι τα είδη Γριζογαλέος (Mustelus mustelus), Σκυλοψαράκι (Scyliorhinus canicula) και Γκριζοκεντρόνι (Squalus blainvillei), ενώ ορισμένα είδη απορρίπτονται σε ποσοστό 100% συνήθως νεκρά. 3.Δίχτυα: λίγα πράγματα είναι γνωστά για την αλιεία με δίχτυα. Είναι γνωστό πως τα ελασμοβράγχια αποτελούν 60% της αλιευμένης βιομάζας από δίχτυα, ενώ το μεγαλύτερο ποσοστό τυχαίων συλλήψεων του προστατευόμενου καρχαρία προσκυνητή (Cetorhinus maximus) οφείλεται σε αυτά. 4.Γριγρί: για το γριγρί υπάρχουν οι λιγότερες πληροφορίες σχετικά με περιμπίπτουσα αλίευση καρχαριών, ωστόσο είναι γνωστό πως υπάρχουν τυχαίες συλλήψεις πελαγικών καρχαριών όπως τα είδη Ρυγχοκαρχαρίας (Isurus oxyrinchus) και Αλεποκαρχαρίες (Alopias spp).
