Σε ενιαίο χώρο 1500 τμ. δημιουργήθηκαν 11 ενότητες, όπου εκτίθενται αρχαιότητες από τα παλαιολιθικά μέχρι τα νεώτερα χρόνια. Ο διαχρονικός χαρακτήρας της έκθεσης, που έδωσε και το όνομα στο μουσείο, δεν περιορίζεται στη χρονολογική παράθεση των ενοτήτων αλλά ορίζεται από οριζόντιες θεματικές παραμέτρους, όπως εξουσία, θεσμοί, κοινωνία, οικονομία, που είναι παρούσες σε όλες τις ενότητες και λειτουργούν ενοποιητικά.
Επιπλέον, σε κάθε ενότητα κυριαρχεί ένα κεντρικό μήνυμα, που χαρακτηρίζει όλη την περίοδο και συγχρόνως απασχολεί τον άνθρωπο διαχρονικά. Με αφετηρία την εξέλιξη του ανθρώπου στην προϊστορική περίοδο, όταν στη Θεσσαλία απαντούν οι πρώτοι γεωργοί και κτηνοτρόφοι της Ευρώπης και στη συνέχεια στη γένεση των μύθων που τοποθετείται στον Όλυμπο και τη Θεσσαλία, ακολουθούν ιδέες όπως η μετανάστευση, ο ρόλος της εξουσίας και των μεγάλων δυνάμεων, καθώς και η αναζήτηση της ελευθερίας, που μας οδηγούν μέχρι τα νεώτερα χρόνια.
Με κέντρο τη μητρόπολη Λάρισα, προβάλλονται ανάγλυφα όλες οι αρχαίες και βυζαντινές πόλεις της ευρύτερης περιοχής και παρουσιάζονται όψεις της θρησκευτικής και οικονομικής ζωής της Θεσσαλίας στην πόλη και την ύπαιθρο, με κατάληξη στο εμπορικό φαινόμενο των Αμπελακίων.
Προβλέφθηκε επίσης, μια τελική ενότητα με τίτλο Διάλογοι, που σκοπός της είναι η ανίχνευση των σχέσεων της τέχνης του παρελθόντος με τη σημερινή, στην οποία τα έργα θα εναλλάσσονται.
Τα ευρήματα υποστηρίζονται από εποπτικό υλικό, κείμενα, φωτογραφίες και βίντεο, σε μια προσπάθεια αναπαράστασης της περιόδου δημιουργίας τους, ενώ στο κέντρο της κάθε ενότητας προβάλλεται χαρακτηριστικό αντικείμενο που συμβάλλει στην κατανόηση του νοήματος.
Η αρχή της προσβασιμότητας, που διέπει το κτίριο από την κατασκευή του, χαρακτηρίζει όλη την έκθεση, σε μια προσπάθεια να γίνει προσιτή από διάφορες κατηγορίες ατόμων με ειδικές ανάγκες.
Η έκθεση υλοποιήθηκε από τις υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού, συγκεκριμένα την Εφορεία Αρχαιοτήτων Λάρισας, τη Διεύθυνση Μουσείων και τη Διεύθυνση Εκτέλεσης Έργων Μουσείων.
