Οι σημαντικότερες οργανωτικές αλλαγές που επέρχονται με την απόφαση είναι η ακόλουθες:
1. Η ενίσχυση των προληπτικών τελωνειακών ελέγχων, καθώς και της αύξησης της αποτελεσματικότητάς τους για την καταπολέμηση του λαθρεμπορίου και της δασμοφοροδιαφυγής. Στο πλαίσιο αυτό:
- Συστήνονται Γραφεία Κινητών Ομάδων Ελέγχου (ΚΟΕ) στα Τελωνεία: Α΄ Θεσσαλονίκης, Σερρών και ΣΤ΄ Τελωνείου Πειραιά. Οι ΚΟΕ θα λειτουργούν όλο το εικοσιτετράωρο και θα πραγματοποιούν προληπτικούς ελέγχους και δίωξη κατά την διακίνηση αγαθών και προϊόντων, για την καταπολέμηση του λαθρεμπορίου στον ΕΦΚ (καπνικά, αλκοολούχα, ενεργειακά προϊόντα), για την ασφάλεια και προστασία (όπλα, ναρκωτικά, παραποιημένα είδη κλπ) και γενικότερα την πάταξη των παραβάσεων του Τελωνειακού Κώδικα.
- Η ελληνική υπηρεσία τελωνείων (ΕΛΥΤ) Αττικής, καθίσταται κέντρο λήψης και διαβίβασης πληροφοριών ελέγχου προς τα Τελωνεία και τις Κινητές Ομάδες Ελέγχου, η οποία, πέρα του ελεγκτικού της έργου, θα παρέχει πληροφορίες μέσω ανάλυσης κινδύνου, στα τμήματα εκ των υστέρων ελέγχων, παραποιημένων και δίωξης των τελωνείων καθώς και στις Κινητές Ομάδες Ελέγχου που ανήκουν σε αυτά.
- Συστήνεται στην ΕΛΥΤ Αττικής, Τμήμα Θαλασσίων Ομάδων Ελέγχων (ΘΟΕ), στο οποίο μεταφέρεται η επιχειρησιακή χρήση των δύο αντιλαθρεμπορικών πλοίων της Γενικής Διεύθυνσης Τελωνείων και ΕΦΚ. Οι Θ.Ο.Ε. θα λειτουργούν όλο το εικοσιτετράωρο και θα είναι επιφορτισμένες με τη διεξαγωγή τελωνειακών ελέγχων και την εν γένει δίωξη του οικονομικού εγκλήματος, στα ελληνικά χωρικά ύδατα, στην παράκτια ζώνη, καθώς και σε όλες τις περιοχές των «λιμένων».
2. Η συγχώνευση των Α΄ και Β΄ Τελωνείων Θεσσαλονίκης, σε νέες εγκαταστάσεις στο λιμένα Θεσσαλονίκης από τον Οκτώβριο του τρέχοντος έτους με στόχο τη δημιουργία οικονομιών κλίμακας για την καλύτερη αξιοποίηση του προσωπικού και για την συνολική βελτίωση της αποτελεσματικότητας των οργανικών μονάδων.
