Αξιολογώντας τα συμπεράσματα έρευνας της οικονομικής αστυνομίας, σύμφωνα με την οποία το κτιριακό συγκρότημα που τελικώς επελέγη φέρεται να είχε πολεοδομικές αυθαιρεσίες και η εμπορική του αξία εκτιμήθηκε αρχικώς τέσσερις φορές κάτω από την προϋπολογιζόμενη δαπάνη, ο εισαγγελέας Εφετών Αχιλλέας Ζήσης ζήτησε να ασκηθούν διώξεις σε βαθμό κακουργήματος, ενώ διαβίβασε την υπόθεση σε ειδική ανακρίτρια διαφθοράς.
Την έρευνα προκάλεσε μήνυση ιδιοκτητών άλλων ακινήτων που κατήγγειλαν ότι παραβιάστηκαν οι όροι του διαγωνισμού. Η προκήρυξη του ΑΠΘ αφορούσε διεθνή δημόσιο διαγωνισμό για την αγορά ακινήτου, προκειμένου να καλυφθούν οι αυξημένες ανάγκες στέγασης των ακαδημαϊκών δραστηριοτήτων του Ιδρύματος. Σύμφωνα με την προκήρυξη αναζητούνταν κτίριο ή κτίρια στη νοτιοανατολική πλευρά της Θεσσαλονίκης, συνολικής επιφάνειας κατ' ελάχιστον 6.601 τ.μ., ενώ η δαπάνη του καθορίστηκε στα 12 εκατ. ευρώ (με την αξία του ΦΠΑ), με συγχρηματοδότηση κοινοτικών και εθνικών πόρων.
Προς τούτο συγκροτήθηκαν δύο επιτροπές, μία επιτροπή διαγωνισμού και μία επιτροπή εκτιμητών, αποτελούμενες στο σύνολό τους από πανεπιστημιακούς, μηχανικούς, υπαλλήλους και ελεγκτές εφορίας (ΔΟΥ) και Τραπέζης.
Έπειτα από πολύμηνη διαδικασία (και δύο άγονους διαγωνισμούς που μεσολάβησαν), η επιτροπή διαγωνισμού μελετώντας όλες τις προσφορές φαίνεται να προκρίνει ως επικρατέστερο κτιριακό συγκρότημα, το οποίο βρίσκεται στην ανατολική πλευρά της Θεσσαλονίκης, παρότι, σύμφωνα με τους μηνυτές, για το συγκεκριμένο ακίνητο η επιτροπή εκτιμητών διατύπωσε επιφυλάξεις για τις προδιαγραφές και την γενικότερη κατάστασή του.
Όπως αναφέρεται στο πόρισμα που διαβιβάστηκε στον εισαγγελέα διαφθοράς Αχ. Ζήση και με βάση το οποίο ο ίδιος ζήτησε να ασκηθούν διώξεις, οι εκτιμητές κατόπιν αυτοψίας, είχαν επισημάνει παραβιάσεις των όρων προκήρυξης αλλά και πολεοδομικές αυθαιρεσίες στο επίμαχο ακίνητο, εκφράζοντας παράλληλα την ανησυχία τους για οικονομικές υποχρεώσεις που θα επιβάρυναν στο μέλλον το Ίδρυμα. Επιπλέον, οι ίδιοι φαίνεται ότι εκτίμησαν την εμπορική του αξία στα 3 εκατ. ευρώ, τιμή υποτετραπλάσια από τη δαπάνη που προϋπολογίστηκε.
Σύμφωνα με τα στοιχεία που έφτασαν στον εισαγγελέα, το ΑΠΘ, όπως προβλεπόταν από τον διαγωνισμό, ανέθεσε ακολούθως σε ορκωτό εκτιμητή να εκτιμήσει την αγοραία αξία του ακινήτου. Σε συνέχεια αυτής της διαδικασίας, κι όπως φαίνεται να προκύπτει από την έρευνα, η κατακύρωση της αγοράς του ακινήτου και η επικύρωση του διαγωνισμού από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου, δρομολογήθηκε με τη βεβαίωση οικονομικού συμβούλου ότι οι κτιριακές εγκαταστάσεις πληρούν τις προδιαγραφές, ενώ η αγοραία αξία εκτιμήθηκε στα 11,9 εκατ. ευρώ.
Πηγές του ΑΠΘ αναφέρουν πάντως ότι η όλη διαδικασία πέρασε από ελεγκτικούς μηχανισμούς (Ελεγκτικό Συνέδριο κ.ά.) κι ότι τηρήθηκαν τα νόμιμα.
