Η Γενική Γραμματεία με εγκύκλιό της δίνει συγκεκριμένες οδηγίες στις εφορίες για τον τρόπο διενέργειας των ελέγχων. Οι ελεγκτές θα ζητούν την επίδειξη της απόδειξης από τον πελάτη έξω από το κατάστημα ή την έδρα του επαγγελματία (ιατρείο, συνεργείο, εκπαιδευτήριο κά). Και μόνο αν δεν υπάρχει ή δεν επιδεικνύεται αυτή ο έλεγχος θα συνεχίζεται εντός του καταστήματος ή της επιχείρησης.
Αναλυτικά όπως ρητά ορίζουν οι οδηγίες της Γενικής Γραμματείας Δημοσιονομικών Εσόδων: «Κάθε συνεργείο μερικού επιτόπιου ελέγχου όταν διαπιστώνει διακίνηση αγαθών στο δρόμο ή έξοδο πελατών από κάθε είδους επαγγελματική εγκατάσταση πώλησης αγαθών ή παροχής υπηρεσιών, θα ζητά το προβλεπόμενο από το νόμο παραστατικό διακίνησης ή πώλησης. Εφόσον διαπιστωθεί ότι εκδόθηκε το προβλεπόμενο από το νόμο παραστατικό, θα σημειώνονται τα στοιχεία του εκδότη (ονοματεπώνυμο ή επωνυμία, Α.Φ.Μ., διεύθυνση, αρμόδια Δ.Ο.Υ.). Στην περίπτωση αυτή δεν υπάρχει λόγος για την είσοδο των μελών του συνεργείου στην επαγγελματική εγκατάσταση του επιτηδευματία».
Στην περίπτωση που διαπιστωθεί ότι ο πελάτης καταστήματος δεν διαθέτει απόδειξη για τα προιόντα αγόρασε ή αρνείται να την επιδείξει τότε η ΓΓΔΕ σημειώνει οτι «τα μέλη του συνεργείου θα εισέρχονται στην επαγγελματική εγκατάσταση, θα αναφέρουν την ιδιότητά τους, θα επιδεικνύουν την εντολή ελέγχου και την αστυνομική τους ταυτότητα και θα επαληθεύουν την παράβαση, θεωρώντας ταυτόχρονα τα βιβλία (στις περιπτώσεις που η επιχείρηση υποχρεούται σε ενημέρωση βιβλίων και εφόσον αυτά επιδειχθούν) και τα στοιχεία της επιχείρησης (ημερομηνία ελέγχου, ονοματεπώνυμο υπαλλήλων, υπογραφές). Στη συνέχεια θα ελέγχουν αν αποδόθηκαν οι επιρριπτόμενοι και παρακρατούμενοι φόροι (Φ.Π.Α, Φ.Μ.Υ., Αμοιβές τρίτων, κ.λπ.) θα αναζητείται η υποβληθείσα δήλωση και η σχετική ταυτότητα οφειλής».
Ταβέρνες, εστιατόρια, μπαρ
Ειδικότερα όταν πρόκειται για ελέγχους που διενεργούνται σε ταβέρνες , εστιατόρια , μπαρ, καφενεία και πιτσαρίες ή γενικά καταστήματα εστίασης και αναψυχής, οι ελεγκτές θα εισέρχονται στο κατάστημα για να ελέγξουν την έκδοση αποδείξεων. « Ευνόητο είναι ότι στις περιπτώσεις επιχειρήσεων εστιάσεως και αναψυχής (π.χ. ταβέρνες, εστιατόρια, ψησταριές, πιτσαρίες, καφενεία, μπαρ κ.λπ.), η είσοδος εντός του καταστήματος ή στους εξωτερικούς χώρους αυτού είναι απαραίτητη, προκειμένου να διαπιστωθεί η έκδοση παραστατικού λιανικής πώλησης για την επιτόπια κατανάλωση φαγητών, ποτών, κ.λπ» σημειώνεται χαρακτηριστικά στην εκγύκλιο.
Ιατρεία, συνεργεία, εκπαιδευτήρια
Ιδιαίτερες οδηγίες δίδονται για τους ελέγχους σε μια σειρά επαγγελματιών οι οποίοι μέχρι το τέλος του 2013 είχαν υποχρέωση τήρησης πρόσθετων βιβλίων ασφαλών πληροφοριών. Πρόκειται για ιατρεία, συνεργεία, εκπαιδευτήρια, γυμναστήρια και άλλες επαγγελματικές ομάδες για τις οποιες από την 1η Ιανουαρίου 2014 καταργήθηκε η υποχρέωση τήρησης πρόσθετων βιβλίων. Στις περιπτώσεις αυτές οι ελεγτκές θα «ζητούν πληροφορίες από τους εξερχόμενους πελάτες για τις υπηρεσίες που τους παρείχαν οι παραπάνω επαγγελματίες φορολογούμενοι και στη συνέχεια να ελέγχουν αν εκδόθηκαν τα προβλεπόμενα παραστατικά».
Εκπρόθεσμες δηλώσεις ΦΠΑ
Στην εγκύκλιο επισημαίνεται επίσης ότι «ιδιαίτερη προσοχή πρέπει να δίδεται στις περιπτώσεις που διαπιστώνεται η μη απόδοση ή η ανακριβής απόδοση Φ.Π.Α. και παρακρατούμενων και επιρριπτόμενων φόρων. Στις περιπτώσεις αυτές θα υποδεικνύεται εγγράφως, με απλή κοινοποίηση σχετικού σημειώματος, στον υπόχρεο να εκπληρώσει τις φορολογικές υποχρεώσεις του, υποβάλλοντας εκπρόθεσμες αρχικές ή τροποποιητικές δηλώσεις με τις νόμιμες προσαυξήσεις. Για τα παραπάνω θα ενημερώνεται εγγράφως και η αρμόδια για τον έλεγχο Δ.Ο.Υ. (εφόσον είναι άλλης αρμοδιότητας) προκειμένου σε περίπτωση μη υποβολής των προαναφερόμενων δηλώσεων να προγραμματίσει και διενεργήσει τους σχετικούς ελέγχους. Σε περίπτωση που από τις υποβληθείσες δηλώσεις Φ.Π.Α. επιχειρήσεων που πωλούν αγαθά ή παρέχουν υπηρεσίες που υπόκεινται σε διαφορετικούς συντελεστές Φ.Π.Α (π.χ φαρμακεία, εστιατόρια κ.λπ.) προκύπτουν υπόνοιες μετακύλησης του Φ Π.Α στο χαμηλότερο συντελεστή, η αρμόδια για τον έλεγχο Δ.Ο.Υ. θα προχωρά σε έλεγχο»
