Το Γ΄ Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας (πρόεδρος, η αντιπρόεδρος Αικατερίνη Συγγούνα και εισηγητής ο πάρεδρος Ιωάννης Παπαγιάννης) με την υπ΄ αριθμ. 4474/2104 απόφασή του, ακύρωσε -για τυπικούς λόγους- την εκλογή και τον διορισμό του Περικλή Μήτκα ως πρύτανη στο Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ) και διέταξε να διεξαχθούν νέες εκλογές για την ανάδειξη νέου πρύτανη.
Συγκεκριμένα στο ΣτΕ είχε προσφύγει ο καθηγητής Ανδρέας Γιαννακουδάκης και ζητούσε να ακυρωθεί η από 20.5.2014 απόφαση του συμβουλίου του ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία επελέγησαν ως υποψήφιοι για την εκλογή στο αξίωμα του πρύτανη στο ΑΠΘ οι καθηγητές Σ. Λογοθέτης, Π. Μήτκας και Ι. Παπαδογιάννης και παραλείφθηκε ο ίδιος να επιλεγεί.
Η αίτηση του κ. Γιαννακουδάκη έγινε δεκτή από την 7μελή σύνθεση του Γ΄ Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας, κατά πλειοψηφία, ακυρώνοντας από την από 31.7.2014 απόφαση του υπουργού Παιδείας με την οποία διορίστηκε πρύτανης στο ΑΠΘ ο κ. Μήτκας.
Ειδικότερα, το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο έκρινε ότι «η από 20.5.2014 απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία έγινε η επιλογή των προς εκλογή υποψηφίων κατά παράλειψη του κ. Γιαννακουδάκη, χωρίς να προηγηθεί πρόσκληση στην σχετική συνεδρίαση του πρύτανη του ΑΠΘ είναι μη νόμιμη». Οι σύμβουλοι Επικρατείας είπαν με άλλα λόγια ότι απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, η οποία εκδόθηκε χωρίς να προηγηθεί σχετική πρόσκληση προς τον εν ενεργεία πρύτανη του Ιδρύματος είναι μη νόμιμη και για το λόγο αυτό την ακύρωσαν.
Ακόμη, το ΣτΕ ανέπεμψε την υπόθεση στο ΑΠΘ για να επαναληφθεί νόμιμα η διαδικασία, δηλαδή «προκειμένου το Συμβούλιο του Ιδρύματος (ΑΠΘ) να επαναλάβει την συνεδρίαση του για κρίση των υποψηφίων προς εκλογή, αφού προηγουμένως καλέσει τον κατά τον χρόνο της ακυρωθείσης αποφάσεώς του (20.5.2014) πρύτανη του ΑΠΘ, αναπληρούμενο από τον νόμιμο κατά τον ανωτέρω χρόνο αναπληρωτή του, ο οποίος δεν κωλύεται».
