Ο ΕΟΠΥΥ με την εγκύκλιο του αναφέρει επίσης ότι η αρίθμηση των συνταγών θα γίνεται στο μαγνητικό μέσο που διατηρείται στο φαρμακείο. Σε περίπτωση χειρόγραφων συνταγών αυτές θα ηλεκτρονικοποιούνται και θα λαμβάνουν αύξουσα συνεχή αρίθμηση σύμφωνα με την ηλεκτρονική καταχώριση και θα αριθμούνται χειρόγραφα με τον ίδιο αριθμό που λαμβάνουν από το μαγνητικό μέσο. (πχ. ηλεκτρονική συνταγή εκτελείται ηλεκτρονικά στις 5/6/2014 και λαμβάνει ηλεκτρονικά αριθμό πχ 23. Ακολούθως εμφανίζεται χειρόγραφη συνταγή, η οποία εκτελείται ηλεκτρονικά και λαμβάνει αρ. 24 και χειρόγραφα επί της συνταγής συμπληρώνεται ο αριθμός 24.)
Σε περίπτωση εκτέλεσης χειρόγραφων συνταγών που δεν δύνανται να καταχωρηθούν ηλεκτρονικά (πχ συνταγές με γαληνικά σκευάσματα, εμβόλια απευαισθητοποίησης), καθώς και σε περίπτωση που δεν υποστηρίζεται από το ηλεκτρονικό σύστημα του φαρμακείου η αύξουσα συνεχής αρίθμηση του συνόλου των συνταγών, το σύνολο των συνταγών θα φέρει χειρόγραφη αύξουσα συνεχή αρίθμηση και η καταχώριση θα γίνεται σε χειρόγραφες ειδικές καταστάσεις.
