Σύμφωνα με τις καταγγελίες σε βάρος του Θωμόπουλου, ως διευθύνων της Τράπεζας είχε διαβεβαιώσει τα στελέχη της, ενόψει ανακεφαλαιοποίησης της, πως υπήρχαν κεφάλαια από το εξωτερικό, γεγονός που δεν υφίστατο με αποτέλεσμα να κινδυνεύει η Πειραιώς να χάσει τις προθεσμίες και να βρεθεί ενώπιον ζητήματος επιβίωσης. Κατά τις καταγγελίες, υπήρξε "οργανωμένο σχέδιο" από τον πρώην διευθύνοντα σύμβουλο της τράπεζας ο οποίος φέρεται να μην διασφάλισε τα συμφέροντα της. Η κ.Ράικου ανέθεσε στους επίκουρους Εισαγγελείς Διαφθοράς Αντώνη Ελευθεριάνο και Γιάννη Δραγάτση να μελετήσουν τα στοιχεία και να διαπιστώσουν αν προκύπτει η διάπραξη τυχόν αξιοποίνων πράξεων μεταξύ άλλων και για "απόπειρα απιστίας" . Η εντολή της Εισαγγελέα είναι να διερευνηθεί εάν εθίγησαν τα συμφέροντα της τράπεζας, θέτοντας σε κίνδυνο την επιβίωση της.
Σύμφωνα με τις καταγγελίες η τράπεζα είχε σωθεί όταν στελέχη της τράπεζας αντιλήφθηκαν λίγο πριν εκπνεύσει η προθεσμία της ανακεφαλαιοποίησης πως δεν ίσχυαν οι διαβεβαιώσεις του κ. Θωμόπουλου και για αυτό το λόγο υπήρξε άμεση κινητοποίηση κορυφαίων στελεχών ώστε να επιλυθεί άμεσα το πρόβλημα και να προλάβουν τις προθεσμίες για την ανακεφαλαιοποίηση.
