Μετά την ολοκλήρωση της ποδοσφαιρικής του καριέρας, βοήθησε διαχρονιά τους «πράσινους» από διάφορα διοικητικά πόστα από τα μέσα της δεκαετίας του `60. Μάλιστα από το 1997 και για περίπου πέντε χρόνια διετέλεσε πρόεδρος του ερασιτέχνη Παναθηναϊκού.
Συλλυπητήρια ανακοίνωση εξέδωσε ο ερασιτέχνης Παναθηναϊκός, όπου μεταφέρει τα εξής: «Ο Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος εκφράζει τα θερμά του συλλυπητήρια στην οικογένεια και τους οικείους του Θοδωρή Αλούπη που αφιέρωσε μεγάλο μέρος της ζωής του στον Σύλλογο. Επρόκειτο για μία «πράσινη» προσωπικότητα που πρόσφερε ως αθλητής αλλά και ως παράγοντας μπαίνοντας σε μία κλειστή κάστα «τριφυλλοφόρων» που έχουν παρόμοιο «γαλόνι». Το ποδοσφαιρικό του ταλέντο εντόπισε γρήγορα ο Χάρι Γκέιμ και... κλότσησε στο «τριφύλλι» ολόκληρη τη δεκαετία του ΄50 αγωνιζόμενος στην θέση του αμυντικού ως δεξί μπακ ενώ αγωνίστηκε και με την Εθνική ομάδα. Στη Λεωφόρο πανηγύρισε το πρωτάθλημα του 1953 και το κύπελλο του 1955 καθώς και επτά πρωταθλήματα Αθηνών. Μόλις ολοκλήρωσε την ποδοσφαιρική του καριέρα συνέχισε να είναι δίπλα στον Σύλλογο και βοήθησε διαχρονικά από διάφορα διοικητικά πόστα από τα μέσα της δεκαετίας του ΄60.
Είναι χαρακτηριστικό μάλιστα ότι από το 1997 και για περίπου πέντε χρόνια ο Αλούπης διετέλεσε πρόεδρος του Παναθηναϊκού Αθλητικού Ομίλου δείχνοντας τις αρετές του ως ισχυρός παράγοντας. Τα επόμενα χρόνια συνέχισε να παρακολουθεί πάντα από κοντά τον αγαπημένο του Παναθηναϊκό με διακριτικότητα και αγάπη. Η νεκρώσιμος ακολουθία θα γίνει την Τετάρτη στις 13:00 στο Β΄ Kοιμητήριο Αθηνών».
