Η ανέγερση του κτηρίου και η οργάνωση της μόνιμης έκθεσης του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Θέρμου υλοποιήθηκαν μέσω συγχρηματοδοτούμενων ευρωπαϊκών προγραμμάτων σε δύο διαδοχικές προγραμματικές περιόδους.
Οι εργασίες κατασκευής του Μουσείου ολοκληρώθηκαν το 2009 από τη Διεύθυνση Εκτέλεσης Έργων Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων του ΥΠΠΟΑ στο πλαίσιο του Γ΄ ΚΠΣ. Το έργο «Οργάνωση της μόνιμης έκθεσης του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Θέρμου» εντάχθηκε στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα και Επιχειρηματικότητα 2007-2013» και υλοποιήθηκε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδος κατά τα έτη 2011-2015 με συγχρηματοδότηση από το Ε.Σ.Π.Α.
Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θέρμου εκτίθενται ευρήματα 2.500 χρόνων. Τα παλαιότερα είναι δύο ειδώλια νεολιθικής εποχής από τη Χρυσοβίτσα Θέρμου που χρονολογούνται περί το 2.500 π.Χ. και απεικονίζουν δύο γυναικείες πληθωρικές μορφές, πιθανότατα κάποιας θεάς της γονιμότητας. Στο Μουσείο φυλάσσονται, επίσης, πλήθος ευρημάτων μυκηναϊκής, γεωμετρικής, κλασικής ελληνιστικής εποχής, καθώς και μεγάλα αγγεία σε βάσεις, ενώ, εντυπωσιακά είναι τα ευρήματα από την πήλινη ανωδομή του ναού, όπως υδρορροές, ακροκέραμα, τρίγλυφα και άλλα εντυπωσιακά εκθέματα. Σε ειδικό χώρο, επίσης, φυλάσσονται πλήθος επιγραφών με τα ψηφίσματα της Δημοκρατίας της Αιτωλικής Συμπολιτείας.
Η μόνιμη έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Θέρμου φιλοξενεί ευρήματα από το Ιερό του Απόλλωνος Θερμίου, από μικρότερα γειτονικά ιερά, καθώς και ευρήματα από πόλεις-μέλη της Αιτωλικής Συμπολιτείας, που χρονολογούνται από τους προϊστορικούς χρόνους έως και τη ρωμαϊκή κατάκτηση.
Η έκθεση διαρθρώνεται χρονολογικά σε έξι ενότητες, αρχίζοντας από τα πρώτα ίχνη κατοίκησης στον χώρο και τη δημιουργία του Ιερού του Απόλλωνος έως τον μετασχηματισμό του σε θρησκευτικό και πολιτικό κέντρο της Αιτωλικής Συμπολιτείας και την παρακμή του. Το αρχαιολογικό υλικό εμπλουτίζεται με επεξηγηματικά κείμενα, σχέδια και αναπαραστάσεις, αποσπώμενες καρτέλες με επιπλέον πληροφοριακό υλικό, κείμενα σε μορφή Braille.
Στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων δίνονται περισσότερες πληροφορίες μέσω διαδραστικών εφαρμογών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
Μετά την τελετή των εγκαινίων θα ακολουθήσει ξενάγηση από τη διευθύντρια της Εφορείας Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδος, Δρ. Ολυμπία Βικάτου, και στη συνέχεια δεξίωση.
Τα εγκαίνια και οι εκδηλώσεις συνδιοργανώνονται από το υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού, την Εφορεία Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδος, την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδος και τον δήμο Θέρμου.
