Ειδικότερα, το 2010, με αποφάσεις του υπουργού Οικονομικών ανεστάλη η λειτουργία α) της Δ.Ο.Υ. του Αγίου Κηρύκου Ικαρίας και Φούρνων, της οποίας οι αρμοδιότητες μεταφέρθηκαν στη Δ.Ο.Υ. Σάμου, β) της Δ.Ο.Υ. Λήμνου και Αγίου Ευστρατίου, της οποίας οι αρμοιδότητες μεταφέρθηκαν στη Δ.Ο.Υ. Μυτιλήνης, γ) της Δ.Ο.Υ. Κέας της οποίας οι αρμοδιότητες μεταφέρθηκαν στη Δ.Ο.Υ. Κορωπίου και δ) της Δ.Ο.Υ. Μήλου της οποίας οι αρμοδιότητες μεταφέρθηκαν στη Δ.Ο.Υ. Γ΄ Πειραιά.
Στη συνέχεια, οι δήμοι Ικαρίας, Φούρνων, Λήμνου, Αγίου Ευστρατίου, Κέας και Μήλου προσέφυγαν στο ΣτΕ ζητώντας να ακυρωθούν οι υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες ανεστάλη η λειτουργία των Δ.Ο.Υ..
Το Γ΄ Τμήμα του ΣτΕ, απέρριψε όλες τις προσφυγές των εν λόγω δήμων.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας, επισημαίνουν ότι το άρθρο 101 του Συντάγματος δεν απευθύνει επιταγή στον κοινό νομοθέτη ή στην κανονιστικώς δρώσα διοίκηση για την σύσταση και διατήρηση Δ.Ο.Υ. σε κάθε νησί. Ως εκ τούτου, δεν αποκλείεται η διοίκηση, συνεκτιμώντας το γενικότερο δημόσιο συμφέρον, από το να προβεί στη συνένωση των Δ.Ο.Υ ορισμένων νησιών με τις Δ.Ο.Υ. γειτονικών νησιών ή ηπειρωτικών περιοχών.
Ούτε όμως, η αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ. προσκρούει στο άρθρο 106 του Συντάγματος, που προβλέπει την ισόρροπη οικονομική ανάπτυξη στο άρθρο 101 του Συντάγματος, στο άρθρο 4 που προστατεύει την αρχή της ισότητας στην κατανομή των δημοσίων βαρών και στο άρθρο 25 του Συντάγματος που καθιερώνει την αρχή της αναλογικότητας – σημειώνουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, αλλά η αναστολή αυτή αποβλέπει στην επίτευξη δημοσίου συμφέροντος.
Ακόμη, το ΣτΕ έκρινε ότι ο υπουργός Οικονομικών, για την αναστολή των επίμαχων Δ.Ο.Υ. έλαβε υπόψη του το πόρισμα της επιτροπής για την αναδιοργάνωση των φορολογικών περιφερειακών υπηρεσιών (Μάιος 2011) και το εθνικό υπηρεσιακό πρόγραμμα καταπολέμησης της φοροδιαφυγής 2011-2013, που προβλέπει ότι θα διατηρηθεί μια μόνο Δ.Ο.Υ. στην πρωτεύουσα κάθε νομού.
Ακόμη, το ΣτΕ αναφέρει ότι η αναστολή λειτουργίας των εν λόγω Δ.Ο.Υ. πραγματοποιείται στο πλαίσιο «ευρύτερης αναδιοργάνωσης των υπηρεσιών του υπουργείου Οικονομικών και ειδικότερα της φορολογικής διοίκησης, της οποίας πρωταρχικός στόχος είναι η δημιουργία ισχυρού και αποτελεσματικού ελεγκτικού και εισπρακτικού μηχανισμού, που θα συμβάλει αποφασιστικά στην καταπολέμηση της φοροδιαφυγής, της παραοικονομίας και της διαφθοράς, καθώς και στην ελαχιστοποίηση του διοικητικού κόστους», αλλά και «στην αύξηση των εσόδων του κρατικού προϋπολογισμού και στην μείωση των ελλειμμάτων και του δημοσίου χρέους».
Η αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ. «δεν καθιστά ιδιαιτέρως δυσχερή την εξυπηρέτηση των πολιτών», πολύ περισσότερο όταν υπάρχει το ΤΑΧΙS και τα ΚΕΠΕ, αναφέρουν οι σύμβουλοι Επικρατείας στο σκεπτικό τους.
Τέλος, από το ΣτΕ κρίθηκε ότι η αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ με υπουργική απόφαση, και όχι με Προεδρικό Διάταγμα όπως υποστήριζαν οι δήμοι, υπήρξε νόμιμη.
