Οι ίδιοι οι επιθεωρητές εργασίας που λειτουργούν καθημερινά το ΟΠΣ, έχουν διαπιστώσει σωρεία προβλημάτων και έχουν ήδη ζητήσει από την πολιτική ηγεσία του υπουργείου Εργασίας να τα επιλύσει. Για το θέμα έχουν πραγματοποιηθεί διαδοχικές συσκέψεις ανάμεσα στην Ομοσπονδία Συλλόγων του Υπουργείου Εργασίας, στον ειδικό γραμματέα του ΣΕΠΕ κ. Νάσο Ηλιόπουλο, αλλά και στην αρμόδια υπουργό κ. Έφη Αχτσιόγλου και έχουν δοθεί υποσχέσεις ότι τα προβλήματα θα επιλυθούν με επαναδιαπραγμάτευση της σχετικής σύμβασης συντήρησης και με ανασχεδιασμό με την ανάδοχο εταιρία.
Για την εφαρμογή του ΟΠΣ οι εκπρόσωποι της Ομοσπονδίας επισημαίνουν ότι οι εργαζόμενοι στο ΣΕΠΕ καλούνται να εφαρμόσουν σήμερα Πληροφοριακά Συστήματα, η λειτουργικότητα και εφαρμοστικότητα των οποίων τίθεται σε αμφισβήτηση από τους Επιθεωρητές Εργασίας. Τα παραπάνω πληροφοριακά συστήματα οι Επιθεωρητές Εργασίας εκτιμούν ότι «εξαρχής σχεδιάστηκαν δίχως να ληφθούν υπόψη, η δομική διάρθρωση, το ανθρώπινο δυναμικό και οι πολυσύνθετες αρμοδιότητες του Σ.ΕΠ.Ε., οι ιδιαιτερότητες και οι ανάγκες των Υπηρεσιών. Αντί να διευκολύνουν το ελεγκτικό έργο περιορίζοντας την γραφειοκρατία, είναι κατά γενική παραδοχή πολύπλοκα, σύνθετα, δύσχρηστα, δυσκίνητα και με πολλά τεχνικά προβλήματα».
Τα προβλήματα αυτά εντοπίζονται στην υποχρέωση των Επιθεωρητών να εργάζονται στα υποσυστήματα του ΟΠΣ, με συνέπεια να παρουσιάζονται δυσλειτουργίες τόσο στη διενέργεια επιτόπιων ελέγχων, όσο και των εργατικών διαφορών και των συμφιλιωτικών παρεμβάσεων. Σε αυτά τα επίπεδα φαίνεται ότι το ΟΠΣ προκαλεί λάθη και οδηγεί του Επιθεωρητές σε λανθασμένες εκτιμήσεις και αποτελέσματα.