Στη συζήτηση με τους πρυτάνεις έγινε αναφορά σε λειτουργικά και διαχειριστικά προβλήματα που αντιμετωπίζουν τα Πανεπιστήμια, τα οποία, όπως δήλωσε ο κ.Φωτάκης, «προκύπτουν από τη συνισταμένη πολλών παραγόντων και κοινοτικών οδηγιών και γραφειοκρατίας, που υπάρχει στο ελληνικό δημόσιο, αλλά και των δυσκολιών, που προέρχονται από τους θεσμούς».
Ειδικά σε ό,τι αφορά στο νομικό πλαίσιο λειτουργίας των Ειδικών Λογαριασμών Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ), θέμα το οποίο προβληματίζει ιδιαίτερα τις διοικήσεις των ΑΕΙ, καθώς, όπως υποστηρίζουν, το ασφυκτικό πλαίσιο διαχείρισης των Λογαριασμών έχει σοβαρές επιπτώσεις στην εύρυθμη λειτουργία των Πανεπιστημίων, ο κ.Φωτάκης δήλωσε: «Υπάρχει πλήρης ταύτιση με τα αιτήματα της Συνόδου, ό,τι θα πρέπει αυτά τα ζητήματα να επιλυθούν και να διατηρηθεί η αυτονομία και η ευελιξία των ΕΛΚΕ, ταυτόχρονα, όμως, να διασφαλίζεται το δημόσιο συμφέρον, αυτό είναι το στοίχημα».
