Η εγκύκλιος της ΓΓΔΕ προβλέπει ότι σε περίπτωση που το συνολικό ποσό των ακαθαρίστων εσόδων που προκύπτει από τα φορολογικά παραστατικά της αίτησης επιστροφής δεν υπερβαίνει τη συνολική κανονική αξία της αγροτικής παραγωγής του αιτούντος, πραγματοποιούν την επιστροφή χωρίς περαιτέρω έλεγχο, εντός μηνός από την υποβολή της αίτησης, εκτός εάν ο Προϊστάμενος της αρμόδιας Δ.Ο.Υ. διαθέτει στοιχεία ή πληροφορίες με βάση τα οποία υπάρχουν βάσιμες υπόνοιες καταστρατήγησης των διατάξεων. Χωρίς έλεγχο και εντός της ίδιας προθεσμίας πραγματοποιείται επίσης η επιστροφή στην περίπτωση που από τη σύγκριση των ακαθάριστων εσόδων της αίτησης με την κανονική αξία του ΥΠΑΑΤ προκύπτει διαφορά φόρου προς επιστροφή μέχρι 100 ευρώ.
Επίσης σε κάθε περίπτωση που ο Προϊστάμενος της αρμόδιας Δ.Ο.Υ. διαπιστώνει από στοιχεία ή βάσιμες πληροφορίες (π.χ. δελτία πληροφοριών, εκθέσεις ελέγχου κ.λπ.) που περιέχονται σε γνώση του ότι ο αιτών αγρότης ενήργησε ως λήπτης εικονικού ή πλαστού φορολογικού στοιχείου ή στοιχείου που νόθευσε αυτός ή άλλος για λογαριασμό του, η αίτηση διαβιβάζεται οπωσδήποτε στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου προκειμένου να διενεργηθεί μερικός φορολογικός έλεγχος που θα αφορά το σύνολο των φορολογικών στοιχείων της αίτησης και η επιστροφή του υπόλοιπου ποσού που δεν αντιστοιχεί σε τέτοιου είδους παραστατικά δεν πραγματοποιείται.
Η ολοκλήρωση της διαδικασίας επιστροφής πραγματοποιείται εντός προθεσμίας ενενήντα (90) ημερών από την υποβολή της αίτησης επιστροφής.
Η Δ.Ο.Υ υποχρεούται πριν την κατάθεση με εντολή μεταφοράς του υπόλοιπου ποσού για κάθε ΑΦΕΚ στον Ειδικό λογαριασμό που θα χρησιμοποιηθεί αποκλειστικά για την απόδοση των ποσών επιστροφής ΦΠΑ σε αγρότες, να ζητά από την συνεταιριστική οργάνωση να προσκομίσει βεβαίωση από την τράπεζα που έχει ανοιχθεί ο εν λόγω λογαριασμός στην οποία θα βεβαιώνεται:
α) ο αριθμός του λογαριασμού,
β) ο δικαιούχος του λογαριασμού
γ) για ποιο σκοπό θα χρησιμοποιηθεί ο λογαριασμός αυτός.
