Οι φορολογούμενοι δικαιώνονται καθώς η ΔΕΔ αφού εξετάσει τις υποθέσεις σβήνει πρόστιμα, προσαυξήσεις και έξτρα φόρους που είχε επιβάλει ο φοροελεγκτικός μηχανισμός για φορολογικές παραβάσεις.
Ωστόσο οι περισσότεροι φορολογούμενοι που υποβάλουν ενδικοφανή προσφυγή φεύγουν με άδεια χέρια από τη ΔΕΔ.
Σημειώνεται ότι η υποβολή της ενδικοφανούς προσφυγής γίνεται αποκλειστικά ηλεκτρονικά μέσω του διαδικτυακού τόπου της ΑΑΔΕ (www.aade.gr), ενώ για να εξεταστεί η υπόθεση από τη ΔΕΔ οιφορολογούμενοι πρέπει πρώτα να καταβάλουν το 50% των ποσών που τους βεβαίωσε ο φοροελεγκτικός μηχανισμός. Μοναδική περίπτωση να αποφύγει κανείς το 50% είναι να δώσει επαρκή στοιχεία στη ΔΕΔ, τα οποία να δικαιολογούν την αναστολή καταβολής για σοβαρούς λόγους οικονομικής αδυναμίας και η Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών πρέπει να εγκρίνει το αίτημά τους.
Σύμφωνα με το νομοθετικό καθεστώς η απόφαση επί της ενδικοφανούς προσφυγής εκδίδεται εντός αποκλειστικής προθεσμίας 120 ημερών από την ημερομηνία υποβολής της ενδικοφανούς προσφυγής στην αρμόδια φορολογική αρχή.
Αν εκδοθεί ρητή αρνητική απόφαση της ΔΕΔ για την ελεγχόμενη ή δεν εκδοθεί καμία απόφαση εντός των 120 ημερών (οπότε η ενδικοφανής προσφυγή λογίζεται σιωπηρά απορριφθείσα από τη ΔΕΔ), η ελεγχόμενη μπορεί να εκκινήσει τη διαδικασία ενώπιον των αρμόδιων διοικητικών δικαστηρίων για την περαιτέρω προσφυγή κατά της πράξης.\
Αν εκδοθεί ρητή απόφαση της ΔΕΔ με την οποία ακυρώνεται, μερικά ή ολικά, ή τροποποιείται η πράξη της φορολογικής αρχής, η απόφαση αυτή θα πρέπει να περιέχει την οριστική φορολογική υποχρέωση του υπόχρεου, το καταλογιζόμενο ποσό και την προθεσμία καταβολής του. Η φορολογική αρχή, της οποίας η πράξη ακυρώνεται για τυπικές πλημμέλειες, μπορεί να εκδώσει νέα πράξη, σύμφωνα με τα οριζόμενα στην απόφαση της ΔΕΔ. Η φορολογική διοίκηση δεν έχει δικαίωμα προσβολής της απόφασης της ΔΕΔ, που δικαιώνει την προσφεύγουσα επιχείρηση.
