Σύμφωνα με την απόφαση της ΑΑΔΕ, το έντυπο Ε3 συνυποβάλλεται με τις εμπρόθεσμες και εκπρόθεσμες αρχικές και τροποποιητικές δηλώσεις με τα έντυπα Ε1 και τη δήλωση φορολογίας εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων, ηλεκτρονικά ή στις Δ.Ο.Υ. κατά περίπτωση.
Για σύζυγους και φυσικά πρόσωπα που έχουν συνάψει σύμφωνο συμβίωσης και υποβάλλουν κοινή δήλωση για τα εισοδήματά τους, το έντυπο Ε3 υποβάλλεται για καθένα από τους συζύγους/μέλη συμφώνου συμβίωσης όπου αυτό απαιτείται από τα επιμέρους εισοδήματά τους.
Στη σχετική απόφαση της ΑΑΔΕ αποσαφηνίζεται πως στην περίπτωση διακοπής εργασιών και έναρξης εντός του ίδιου φορολογικού έτους, υποβάλλεται μία κατάσταση οικονομικών στοιχείων από επιχειρηματική δραστηριότητα για όλο το φολογικό έτος.
Δεν προβλέπεται η υποβολή του εντύπου Ε3 με επιφύλαξη, καθόσον η επιφύλαξη αφορά αποκλειστικά το περιεχόμενο της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος.
Ο υπόχρεος συμπληρώνει τους πίνακες εκείνους που τον αφορούν, ενώ οποιαδήποτε μεταβολή που επήλθε στην κατάσταση της επιχείρησης μέσα στο φορολογικό έτος δεν μπορεί να δηλωθεί στο έντυπο Ε3 εάν προηγουμένως δεν έχει δηλωθεί στο Τμήμα Μητρώου και Εγγραφής Φορολογουμένων της αρμόδιας εφορίας.
Για τα φυσικά πρόσωπα, το Ε3 συνυποβάλλεται από τους αποκτώντες εισόδημα από επιχειρηματική δραστηριότητα για τις ανάγκες λογιστικού προσδιορισμού του αποτελέσματος, ανεξάρτητα της υποχρέωσης της τήρησης κατάλληλων λογιστικών αρχείων (βιβλία και στοιχεία), σύμφωνα με τα λογιστικά πρότυπα που προβλέπονται στην ελληνική νομοθεσία.
Για τα νομικά πρόσωπα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, το έντυπο Ε 3 υποβάλλεται όταν έχουν εισόδημα από επιχειρηματικές συναλλαγές, ενώ στην περίπτωση που έχουν εισόδημα μόνο από κεφάλαιο και υπεραξία μεταβίβασης κεφαλαίου, το έντυπο αυτό υποβάλλεται χωρίς να αναγράφονται ποσά. Σε περίπτωση που τα υπόψη νομικά πρόσωπα αποκτούν έσοδα μη φορολογούμενα, υποβάλλουν το έντυπο Ε3 χωρίς να αναγράφονται ποσά.
Για τα γραφεία αλλοδαπών ναυτιλιακών επιχειρήσεων που εγκαθίστανται στην Ελλάδα βάσει των διατάξεων του άρθρου 25 του ν. 27/1975 και τις ημεδαπές επιχειρήσεις που υπάγονται στις ίδιες διατάξεις, το έντυπο Ε3 υποβάλλεται μόνο όταν αποκτούν φορολογητέο εισόδημα. Οι ναυτικές εταιρείες του ν. 959/1979 στην περίπτωση που έχουν απαλλασσόμενο της φορολογίας εισόδημα υποβάλλουν το έντυπο Ε3 χωρίς να αναγράφονται ποσά.
Τέλος, στην απόφαση της ΑΑΔΕ τονίζεται πως η υποβολή εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης για συμπλήρωση ή μεταβολή αμιγώς πληροφοριακών στοιχείων της κατάστασης οικονομικών στοιχείων από επιχειρηματική δραστηριότητα, δηλαδή στοιχείων που δεν επηρεάζουν το φορολογικό αποτέλεσμα της επιχείρησης, δεν επισύρει τις προβλεπόμενες κυρώσεις του Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας.
